Une partie des joueurs de Resident Evil : The Mercenaries 3D sur Nintendo 3DS se sont plaints du système de sauvegarde, parce qu'il était possible d'en faire qu'une seule qu'on ne peut pas effacer. Quelques joueurs estimaient que cette pratique ressemblait à du DRM déguisé. Cette tollé ayant pris de l'ampleur, Capcom a décidé de répondre aux critiques.

"Notre intention n'était pas d'atténuée l'expérience" car "RE Mercenaries a été essentiellement traité de la même façon qu'un jeu d'arcade" explique Snow, un porte-parole de l'entreprise, sur le forum du site officiel. Avant d'ajouter dans une courte faq sur le cas des joueurs qui achèteront une version déjà utilisée que "toute personne achetant une copié déjà jouée du jeu aura accès à toutes les missions et les compétences que le propriétaire d'origine a déverrouillées, en plus du contenu disponible à l'utilisateur d'origine." Pas sûr que cette réponse satisfasse à tout le monde.